© 2011 ADINIS, s.r.o. - výskum, vývoj a aplikácia technológií

Softvér InDelFinder

Je nástroj na automatizovanú detekciu heterozygotných a homozygotných mutácií v sekvenciách DNA. Softvér využíva algoritmus založený na parametrickej digitalizácii sekvenačných záznamov (elektroferogramov) na diskrétnu sadu nukleotidových píkov a následné opakované zarovnanie referenčných a analyzovaných sekvencií pomocou Needleman-Wunschovho algoritmu. Na základe zarovnania sa jednotlivé nukleotidové bázy rozdelia do prvého a druhého vlákna DNA. Následne sa každé vlákno DNA zvlášť zarovná s referenčnou sekvenciou. Parametre digitalizácie a zarovnania sú potom optimalizované metódou Monte Carlo tak, aby boli získané najlepšie parametre.




Funkcionality softvéru InDelFinder

Program umožňuje vytvorenie knižnice referenčných sekvencií využitím záznamov z databázy GenBank alebo manuálnym zadávaním referenčných sekvencií DNA. Vyhľadávanie mutácií v sekvenovaných vzorkách sa vykonáva v rámci používateľom vytvoreného alebo importovaného projektu, ktorý je možné upravovať, uchovávať a opätovne využívať. Analyzované vzorky sa do projektu načítajú vo forme sekvenačných záznamov (elektroferogramov) vo formáte ab1. Automaticky detegované mutácie sú farebne vyznačené a je možné ich prezerať v textovom alebo grafickom móde. Program umožňuje import zoznamu vzoriek vo formáte csv a vytváranie reportu vo formáte MS WORD (doc) na základe editovateľného templátu.

Login:
Heslo:
Registrácia | Zabudol som heslo
 

Registrácia umožňuje oprávneným používateľom služieb Dátového centra pre výskum a vývoj získať licenciu na používanie softvéru InDelFinder. Oprávnenými používateľmi služieb Dátového centra sú pracovníci výskumu a vývoja na verejných vysokých školách a inštitútoch Slovenskej akadémie vied v Slovenskej republike a títo pracovníci sú oprávnení využívať softvér InDelFinder pre svoju výskumnú a vývojovú činnosť.


Vyplnením a zaslaním registračného formulára je administrátorovi odoslaná žiadosť o vydanie licencie. Po schválení a vydaní licencie administrátor aktivuje prístupové kódy používateľa (Login a Heslo), ktoré vyplnil v registračnom formulári.


Po zadaní prístupových kódov a prihlásení používateľ získa prístup k aktuálnej verzii softvéru InDelFinder a k dokumentácii.

Podporujeme výskumné aktivity na Slovensku / Projekt je spolufinancovaný zo zdrojov EÚ